Alaturi de kernel, programele realizeaza un sistem de operare. Ca si alte distributii linux, Debian GNU/Linux vine cu un bun management al pachetelor care asigura cele mai stabile programe utilizatorilor. Chiar daca internetul a reusit oarecum sa faca din Debian GNU/Linux un sistem de operare dedicat avansatilor va asiguram ca nu este asa. In cadrul acestei distributii pachete cu programe pot fi instalate fie prin metoda grafica folosind Synaptic sau cu ajutorul unui terminal folosind apt-get. In ambele cazuri utilizatorul trebuie sa fie logat ca root.
Synaptic Package Manager:

Apt-get:

Alaturi de aceste metode Debian GNU/Linux ofera utilizatorilor si o interfata web, care are drept scop sa ii ajute in localizarea pachetelor. Aceasta interfata web poate fi accesata prin click pe acest link